مرکز ملی اقیانوس ‌شناسی باتوجه به توافق صورت گرفته بین وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و سازمان آموزشی، علمی و فرهنگی ملل متحد (یونسکو) دراواخر سال ١٣٧٠ تأسیس گردید و درجلسه مورخ 8/12/88 شورای گسترش آموزش عالی کشور، با تبدیل آن به «مؤسسه ملّی اقیانوس‏ شناسی» موافقت قطعی شد. در بیست‌ودومین سال تاسیس مؤسسه ملی اقیانوس‌شناسی، درنوزدهمین نشست عادی هیات امنای منطقه‌ی یک پژوهشی مورخ 25 اردیبهشت ماه 1392 و جلسه مورخ 18خرداد 1392 شورای گسترش آموزش عالی با ارتقای مؤسسه ملی اقیانوس‌ شناسی به پژوهشگاه ملی اقیانوس‌شناسی و علوم جوی با سه پژوهشکده و سه مرکز ملی و یک مرکز منطقه ای موافقت شد.

پژوهشگاه ملی اقیانوس‌شناسی و علوم جوی تحت پوشش وزرات علوم، تحقیقات و فناوری با اهداف زیر فعالیت می کند:

1- دستیابی به جایگاه نخست منطقه‌‏ای دراقیانوس‏ شناسی و علوم جوی

2- محوریت ملی درپژوهش‏های اقیانوس‎‏شناسی و علوم جوی

3- ارایه همگانی داده‏‌ها و اطلاعات دریایی، اقیانوسی و جوی مرتبط با سطح طبقه بندی مناسب 

4- پایش و مدل‌ سازی فرایندهای دریایی و اقیانوسی 

5- مطالعه، پیش‌بینی و هشدار مخاطرات دریایی، اقیانوسی و جوی

6- مطالعه و مدل‏ سازی پدیده‏‌های جوی، نوسان‏های آب و هوایی، تغییر اقلیم و دیرینه اقلیم

7- توسعه‏ فناوری‏های دریایی و اقیانوسی برای مطالعه و بهره‌‏برداری سبز

8- حضور در عرصه‏‌ی جنوبگان

9- توسعه‏‌ی آموزش‏های تخصصی و عمومی

10- توسعه‏‌ی سازوکارهای مناسب برای استقلال مالی

11- توسعه‏‌ی همکاری‏های ملی، منطقه‏‌ای و بین‏‌المللی