بهره برداري از سواحل جنوبي درياي خرز به صورت اجاره اي - سالانه از سال 1219 شمسي ( زمان سلطنت محمد شاه قاجار) آغاز شد. اين نظام حقوقي در بهره برداري به مدت 80 سال تا 1299 شمسي ادامه داشته است. تا زمان محمد شاه, حاكمان هر منطقه به ميل خود رودخانه ها و دريا را به اتباع روسيه اجاره مي دادند. اما از سال 1215 هجري شمسي اين اختيار با فرمان محمد شاه لغو شد.

2 - در سال 1306 هجري شمسي بين دولت هاي ايران و شوروي سابق پيماني جهت تاسيس شركت مختلط براي صيد ماهي در سواحل جنوب درياي مازندران منعقد شد و ساير رودخانه هاي داخلي در اختيار وزارت دارائي قرار گرفت كه به طور سالانه از طريق مزايده اجاره داده مي شد.

3 - در سال 1332 هجري شمسي شركت شيلات توسط دكتر محمدمصدق ، نخست‌وزير وقت ، ملي اعلام گرديد و به عنوان شيلات ايران نامگذاري شد. اين تشكيلات اولين ساختار سازماني رسمي ماهيگيري كشور بود و به همين دليل شيلات ايران ناميده شد.

4 - تا سال 1332{اعلام ملي شدن شيلات} فعاليتهاي شيلات براساس قراردادهاي ايران و روسيه انجام و رودخانه هاي شمال نيز تحت اختيار وزارت دارايي بوده و از طريق مزايده واگذار مي شدند.

5 - با تشكيل وزارت منابع طبيعي در دي ماه 1346 شيلات ايران به اين وزارتخانه وابسته شد و بعد از انحلال وزارتخانه مذكور امور شيلات به وظايف وزارت كشاورزي افزوده گرديد.

6 - نخستين آئين نامه صيد در درياي خزر در سال 1332 پس از ملي شدن شركت شيلات ايران تدوين و اجرا گرديد كه عمدتاً مشتمل بر تعيين فصول مجاز و ممنوعه صيد و تعيين مناطق مجاز صيادي بود.

7 - اولين فعاليت دولتي در زمينه آبزيان با همكاري پروفسور بلگواد دانماركي در سال 1316 هجري شمسي بر روي ماهيان جنوب انجام شد. درسال 1328 اين كار توسط دكتر پطرسن دانماركي ادامه يافت.

8 - طي سالهاي 1334 تا 1335 هجري شمسي يك شركت ژاپني مطالعاتي را در خصوص توسعه ماهيگيري جنوب در خصوص انواع آبزيان خليج فارس به ويژه ماهي و ميگو انجام داد و در نتيجه مشخص شد بهره برداري از منابع آبزي خليج فارس در تمام مدت سال امكان پذير است. در سال 1335 سازمان برنامه و بودجه شركت ماهيگيري خليج فارس را با مشاركت ژاپني ها تحت عنوان " ماهيگيري خليج فارس " تاسيس گرديد كه ژاپن سهامدار آن بود سپس در سال 1336 تمامي سهام اين شركت به سازمان برنامه انتقال يافت.

9 - در شهريور 1340 در اجراي قانون شيلات ايران و تقاضاي وزارت دارايي و موافقت سازمان برنامه و تصويب هئيت دولت, اين شركت به شيلات منتقل و در نهايت منجر به تشكيل شركت سهامي شيلات جنوب به سهامداري وزارت دارايي, وزارت جنگ, شير خورشيد سرخ و بانك تعاون كشاورزي در سال 1342 گرديد..

شركت سهامي شيلات جنوب با مشاركت تعدادي از وزارتخانه ها و سازمانهاي دولتي تاسيس و با ايجاد ناوگان صيادي و چندين اسكله و مجتمع عمل آوري شيلاتي در جهت گسترش فعاليتهاي صيادي اقدام نمود.

10 - در سال 1343 نخستين آئين نامه صيد در رابطه با فعاليتهاي صيادي در جنوب كشور ( خليج فارس و درياي عمان و رودخانه هاي تابعه) مشتمل بر محدوديت هاي فصلي, مكاني و ابزاري تدوين يافت.

10 - اولين بار در سال 1301 توليد و رها سازي 3 ميليون قطعه بچه ماهي جهت رها سازي در درياي مازندران انجام شد.

11 - طي سالهاي 1347 تا 1350 جهت حفظ ذخاير با ارزش ماهيان خاوياري و تكثير و پرورش كپور ماهيان, كارگاه تكثير و پرورش ماهيان سد سنگسر و ايستگاه تكثير و پرورش پل آستانه تاسيس شد.

 12 - پس از انقلاب اسلامي با ادغام شركت هاي شمال و جنوب و تشكيل شركت سهامي شيلات ايران تحت پوشش وزارت كشاورزي حوزه نظارت و فعاليت دولت به تمامي جنبه هاي شيلاتي كشور از جمله آبهاي داخلي و تكثير و پرورش آ‎بزيان گسترش يافت.

13 - در سال 1361 بر اساس مصوبه شوراي انقلاب شركتهاي شيلات شمال و جنوب ادغام شده در معاونت امور شيلات و آبزيان وزارت كشاورزي , با نام شركت سهامي شيلات ايران تشكيل گرديد.

14 - در شهريور ماه سال 1366به پيشنهاد سران سه قوه و موافقت رهبر كبير انقلاب اسلامي حضرت امام خميني ( ره ) شركت سهامي شيلات ايران از وزارت كشاورزي منتزع و به وزارت جهاد سازندگي الحاق گرديد.

15 - سازمان تحقيقات شيلات ايران در سال1369 تشكيل شد.

16 - قانون حفاظت و بهره برداري از منابع آبزي جمهوري اسلامي ايران در تاريخ 14 / 6 / 1374 در مجلس شوراي اسلامي تصويب شد و در تاريخ 22 / 6 / 1374 به تاييد شوراي نگهبان رسيد.

17 - آئين نامه اجرايي قانون حفاظت و بهره برداري از منابع آبزي جمهوري اسلامي ايران نيز در تاريخ 25 / 2 / 1378 هيات وزيران به تصويب رسيد.

18 - در تاريخ 24 ارديبهشت ماه 1372 موسسه تحقيقات بين المللي ماهيان خاوياري دكتر دادمان توسط آقاي هاشمي رفسنجاني افتتاح شد.

19 - در سال 1374 نام سازمان تحقيقات و آموزش شيلات ايران به موسسه تحقيقات شيلات ايران تغيير يافت.

20 - تشكيل وزارت جهاد كشاورزي از ادغام دو وزارتخانه كشاورزي و جهاد سازندگي در سال 1379 و قرار گرفتن شيلات ايران در وزارتخانه جديد

21 - انتزاع موسسه تحقيقات شيلات در سال 1381 از شركت سهامي شيلات ايران منتزع و به سازمان تحقيقات و آموزش كشاورزي الحاق شد.

22 - اساسنامه موسسه تحقيقات شيلات ايران توسط شوراي گسترس آموزش عالي در تاريخ 1 / 12 / 1381 به تصويب رسيد.

23 - و بالاخره تصويب قانوني مشتمل بر ماده واحده و ده تبصره در تاريخ 30 / 2 / 1383 توسط نمايندگان دوره ششم مجلس شوراي اسلامي و تائيد شوراي نگهبان مورخ 9 / 3 / 1383 شركت سهامي شيلات ايران به " سازمان شيلات ايران" تغيير يافت. بر اساس اين قانون, شيلات كه همچنان از مجموعه هاي وزارت جهاد كشاورزي محسوب خواهد شد از تاريخ 1 / 1 / 1384 به صورت سازمان اداره مي شود. رئيس سازمان توسط وزير جهاد كشاورزي منصوب و به عنوان معاون وزير خواهد بود.

24 - فروش خاويار همچنان در انحصار شيلات است و اين وظيفه در قالب يك شركت دولتي و وابسته به شركت مادر تخصصي كشاورزي انجام خواهد شد.